1970- 1979
A principios de los 70, consecuencia de la regulación del Ministerio de Agricultura de Ferias y Mercados, y de la mano de los funcionarios D. Cristóbal Guerrero y D. Luis Alfonso de Miguel comienzan las primeras reuniones con distintos sectores de producción agraria con el fin de promover la creación de una Lonja. La falta de medios económicos hace que las primeras reuniones se llevan a cabo en el Restaurante “El Cachirulo”. Se elaboran los primeros Estatutos y Reglamentos y la Lonja comienza su andadura en 1976. Su primer presidente fue D. Angel de Uña. En 1978, la Lonja fija su primera sede en la Caja Rural Provincial de Zaragoza.

1980-1989
Nace el Boletín de la Lonja y rápidamente consigue una gran difusión en el sector agrario. Se crean nuevas mesas de precios e incorporan más empresas a la Lonja, de tal forma que la Lonja es designada Testigo de precios de mercado en la CEE (Actual UE), para las mesas de Porcino, Ovino, Bovino y Cereales. A finales de la Lonja, con D. Joaquín Salvo al frente, se promueve la creación de una asociación de lonjas. En 1988, la Lonja traslada su sede a la Cámara Oficial de Comercio e Industria.

1990-1999
Como socio constituyente la Lonja entra a formar parte de la Asociación Española de Lonjas y Mercados de Origen, naciendo de la mano de ésta servicios como Telelonjas (base de productos agropecuarios de todo el mundo) e INFORLON (Servicio de información telefónica de precios).
Adelantada a su tiempo, la Lonja del Ebro constituye su propia Corte de Arbitraje, con gran repercusión social, y se incorpora a las nuevas tecnologías, dando ya algunos de sus servicios, a través de internet.

2000-2009
La Lonja se constituye como asociación sin ánimo de lucro, adquiriendo así personalidad jurídica propia. Se traslada a su actual sede en Mercazaragoza, en cuyo salón de actos se celebran cada semana las mesas de precios. En 2001 se celebraron los 25 años de la creación de la Lonja, con diversos actos sociales y la edición especial del boletín agrario número 1000.

2010-2017
En este periodo la Lonja tuvo dos acontecimiento luctuosos: La muerte del Vicepresidente, D. Joaquín Salvo Tambo, en Zaragoza y del Presidente D. Javier Albo Aguado dos pilares fundamentales en la historia de la Lonja.
Tras la muerte de D. Joaquín, primer ejecutivo de la Lonja, y debido a la enfermedad de D. Javier, se nombra a un nuevo Presidente: D. Luis Acín Boned, de notable trayectoria empresarial y política.
Sus objetivos son: Impulsar, actualizar y estabilizar financieramente a la Lonja.
Para ello, se elaboraron unos nuevos Estatutos y Reglamento del Mercado de Origen, que regulan con total transparencia y claridad el funcionamiento actual de la Lonja. Se eligió una nueva Junta Gestora, que nombró los cargos institucionales contemplados en los Estatutos, creando además un Comité Ejecutivo para apoyar al Presidente en el desarrollo de las tareas de la Lonja.
En 2016 la Lonja organizó una de las mejores Asambleas anuales de AELMO, con enorme éxito de participación y organización. Unas interesantísimas conferencias-coloquio tuvieron lugar simultáneamente en el Auditorio de Zaragoza. Tras ellas, una placentera comida con actuación musical incluida pusieron colofón a una jornada inolvidable.
Como invitados a este evento, estuvieron presentes o representados por sus directores generales los consejeros de agricultura de Navarra, Rioja, País Vasco y Cantabria, con el objetivo de crear una Lonja del Valle del Ebro.
También en este periodo se ha abordado la renovación del sistema informático tanto hardware como el software, con una nueva red de ordenadores y de programas de gestión. Dentro de estos programas de gestión se incluye una nueva Web Corporativa llena de contenidos para el público y los socios.